Практический семинар "RNA-Seq in Galaxy"

кбн Макунин Игорь Васильевич
The University of Queensland, Brisbane, Australia
Queensland Facility for Advanced Bioinformatics

RNA-Seq in Galaxy

Практический семинар по анализу дифференциальной экспрессии генов с использованием данных высокопроизводительного секвенирования. Анализ будет осуществляться на сервере Galaxy. Galaxy является удобной интерактивной платформой для работы с большими массивами данных без использования программирования.

Программа семинара

• картирование РНК ридов на референсный геном с использованием HiSAT2
• подсчет ридов, картированых к аннотированным генам с использованием  htseq-count
• анализ дифференциальной экспрессии генов при помощи Degust
• анализ дифференциальной экспрессии генов с использованием DESeq2
• автоматизация анализа в Galaxy (Galaxy workflow).

Для участия в семинаре необходим компьютер с выходом в сеть, на который надо установить IGV:
https://software.broadinstitute.org/software/igv/download

Максимальное сичло участников – 12

Заявку на участие просьба подать организатору семинара: igomak37gmail [dot] com