Жимулев ИФ - Curriculum Vitae

1971 – диплом с отличием Горьковского государственного университета (ныне Нижегородский государственный университет)

1971-1974 – аспирант Института цитологии и генетики СО АН СССР (ИЦиГ), Новосибирск

1974-1979 – младший научный сотрудник ИЦиГ СО АН СССР, Новосибирск

1975 – защита кандидатской диссертации: “Транскрипционная активность политенных хромосом Drosophila melanogaster” по специальности “Генетика”, Институт биологии развития им. Кольцова АН СССР, Москва

1979-1982 – старший научный сотрудник ИЦиГ СО АН СССР, Новосибирск

1982 – защита докторской диссертации: “Хромомерная организация политенных хромосом” по специальности “Генетика”, ИЦиГ СО АН СССР, Новосибирск

1982-1986 – руководитель группы, ИЦиГ СО АН СССР, Новосибирск

1986-2007 – зав. лабораторией, ИЦиГ СО АН СССР, СО РАН, Новосибирск

1991-2007 – профессор Новосибирского государственного университета

2007-2009 – руководитель Отдела молекулярной и клеточной биологии, ИЦиГ СО РАН, Новосибирск

2009-2011 – зам. директора, руководитель Отдела молекулярной и клеточной биологии, заведующий лабораторией молекулярной цитогенетики, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск

2011-2012 – директор-организатор Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН, Новосибирск

2012-2017 – директор Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН, Новосибирск

с 2017 – заведующий лабораторией молекулярной цитогенетики, Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН, Новосибирск 

с 2017 – научный руководитель Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН, Новосибирск

• Центральный Совет Общества генетиков им. НИ Вавилова (с 1982)
• Ученый Совет РАН по проблемам генетики (с 1988)
• Совет РАН по молекулярной биологии (с 1988)
• Объединенный Ученый совет СО РАН по биологическим наукам (с 1988)
• Совет РАН по клеточной биологии (с 1999)
• Член-корреспондент РАЕН (1991-1999)
• Академик РАЕН (с 1999)
• Звание Профессор генетики (с 1993)
• Европейская Академия (Academia Europaea) (с 1995)
• Соросовский профессор (с 1995)
• Председатель Новосибирского отделения Вавиловского общества генетиков и селекционеров (НО ВОГиС)
  (с 2004)
• Научный совет по генетике и селекции РАН (с 2007)
• Член-корреспондент РАН (1997-2006)
• Академик РАН (с 2006)

• BioEssays (Germany)
• Journal of Biological Research (Greece)
• Генетика (Москва) (1988-2011) 
• Цитология (Санкт-Петербург)
• Вестник ВОГиС (Новосибирск)
• Сибирский экологический журнал (Новосибирск)

• Вторая премия СО АН СССР (биология) (1984)
• Медаль им. НИ Вавилова за заслуги в области генетики (1987)
• Первая премия Совета по молекулярной биологии РАН (1993)
• Премия им. НК Кольцова РАН (2000)
• Государственная премия Российской Федерации (2002)
• Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” II степени (2008)
• Императорский и Царский Орден Святого Станислава 3 степени (2012)
  (фото) (фото)
• Памятная медаль в честь 60-летия СО РАН (2017)
• Памятная медаль имени академика МА Лаврентьева (2021)
• Медаль ордена “За заслуги перед Отечеством” I степени (2022)
• Юбилейная медаль "300 лет Российской академии наук" (2024)

Генетика, цитогенетика, структурная и функциональная организация политенных хромосом, генетическое содержание междисков, дисков и пуфов, организация хроматина в интерфазных хромосомах, гетерохроматин (прицентромерный и интеркалярный), эффект положения, транскрипционная и репликационная активность политенных хромосом, гормональный контроль активности генов в клетках слюнных желез дрозофилы

Автор более 350 научных публикаций, среди которых 3 монографии на русском языке, переведенные позднее на английский язык и изданные в США (Academic Press), четыре издания учебного пособия “Общая и молекулярная генетика” и учебное пособие “Хромосомы. Структура и функции”

• Жимулев ИФ. Политенные хромосомы: морфология и структура. Наука, Новосибирск 479 c., 1992
• Жимулев ИФ. Гетерохроматин и эффект положения гена. Наука, Новосибирск, 490 c., 1993
• Жимулев ИФ. Хромомерная организация политенных хромосом. Наука, Новосибирск, 564 с., 1994
• Жимулев ИФ. Общая и молекулярная генетика. Изданиеие 4. Сибирское университетское издательство, Новосибирск, 479 с., 2007
• Коряков ДЕ, Жимулев ИФ. Хромосомы. Структура и функции. Издательство СО РАН, Новосибирск, 257 с., 2009
• Zhimulev IF. Morphology and structure of polytene chromosomes. Adv Genet 34: 1-497, 1996
• Zhimulev IF. Heterochromatin and position effect variegation. Adv Genet 37: 1-566, 1998
• Zhimulev IF. Genetic organization of polytene chromosomes. Adv Genet 39: 1-599, 1999
• Belyaeva ES, Zhimulev IF, Volkova EI, Alekseyenko AA, Moshkin YM, Koryakov DE. Su(UR)ES a gene suppressing DNA underreplication in intercalary and pericentric heterochromatin of Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Proc Natl Acad Sci USA 95: 7532-7537, 1998
• Moshkin YM, Alekseyenko AA, Semeshin VF, Spierer A, Spierer P, Makarevich GF, Belyaeva ES, Zhimulev IF. The Bithorax Complex of Drosophila melanogaster. Underreplication and morphology in polytene chromosomes. Proc Natl Acad Sci USA 98: 570-574, 2001
• Holt RA,… Kokoza EB, Zhimulev IF,… Kafatos FC. The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. Science 298: 129-149, 2002
• Koryakov DE, Zhimulev IF, Dimitri P. Cytogenetics analysis of the third chromosome heterochromatin of Drospohila melanogaster. Genetics 160: 509-517, 2002
• Makunin IV, Volkova EI, Belyaeva ES, Nabirochkina EN, Pirrotta V, Zhimulev IF. The Drosophila Suppressor of Underreplicationprotein binds to late-replicating regions of polytene chromosomes. Genetics 160: 1023-1034, 2002
• Zhimulev IF, Belyaeva ES, Semeshin VF, Shloma VV, Makunin IV, Volkova EI. Overexpression of Drosophila melanogaster SuUR gene results in reversible chromatin reorganization at polytene chromosome pericentric, telomeric and intercalary heterochromatin. J Cell Sci 116: 169-176, 2003
• Koryakov DE, Domanitskaya EV, Belyakin SN, Zhimulev IF. Abnormal tissue-dependent polytenization of a block of chromosome 3 pericentric heterochromatin in Drosophila melanogaster. J Cell Sci 116: 1035-1044, 2003
• Cherbas LF, Hu X, Zhimulev I, Belyaeva E, Cherbas P. EcR isoforms in Drosophila: Testing tissue-specific requirements by targeted blockade and rescue. Development 130: 271-284, 2003
• Zhimulev IF, Belyaeva ES, Makunin IV, Pirrotta V, Volkova EI, Alekseyenko AA, Andreyeva EN, Makarevich GF, Boldyreva LV, Nanayev RA, Demakova OV. Influence of the SuUR gene on intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosoma 111: 377-398, 2003
• Zhimulev IF, Belyaeva ES. Intercalary heterochromatin and genetic silencing. BioEssays 25: 1040-1050, 2003
• Demakova OV, Kotlikova IV, Gordadze PR, Alekseenko AA, Kelley RL, Kuroda MI, Zhimulev IF. The MSL complex levels are critical for its correct targeting to the chromosomes in Drosophila melanogaster. Chromosoma 112: 103-115, 2003
• Belyaeva ES, Boldyreva LV, Volkova EI, Nanayev RA, Alekseyenko AA, Zhimulev IF. Effect of the Suppressor of Underreplication gene (SuUR) on PEV-silencing in Drosophila melanogaster. Genetics 165: 1209-1220, 2003
• Zhimulev IF, Belyaeva ES, Semeshin VF, Koryakov DE, Demakov SA, Demakova OV, Pokholkova GV, Andreyeva EN. Polytene chromosomes: 70 years in genetic research. Int Rev Cytol 241: 203-275, 2004
• Degtyarev S, Boykova T, Grishanin A, Belyakin S, Rubtsov N, Karamysheva T, Makarevich G, Akifyev A, Zhimulev I. The molecular structure of the DNA fragments eliminated during chromatin diminution in Cyclops kolensis. Genome Res 14: 2284-2294, 2004
• Belyakin SN, Christophides GK, Alekseyenko AA, Nanayev RA, Boldyreva LV, Belyaeva ES, Makunin IV, Heidelberg Fly Array Consortium, Kafatos FC, Zhimulev IF. Genomic analysis of Drosophila chromosome underreplication reveals a link between replication control and transcriptional territories. Proc Natl Acad Sci USA 102: 8269-8274, 2005
• Gortchakov AA, Eggert H, Gan M, Mattow J, Zhimulev IF, Saumweber H. Chriz, a chromodomain protein specific for the interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosoma 114: 54-66, 2005
• Koryakov DE, Reuter G, Dimitri P, Zhimulev IF. The SuUR gene influences the distribution of heterochromatic proteins HP1 and SU(VAR)3-9 on nurse cell polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. Chromosoma 115: 296-310, 2006
• Salvaing J, Decoville M, Mouchel-Vielh E, Bussiere M, Daulny A, Boldyreva L, Zhimulev I, Locker D, Peronnet F. Corto and DSP1 interact and bind to a maintenance element of the Scr Hoxgene: understanding the role of Enhancers of trithorax and Polycomb. BMC Biology 4: 9, 2006
• Belyaeva ES, Demakov SA, Pokholkova GV, Alekseyenko AA, Kolesnikova TD, Zhimulev IF. DNA underreplication in intercalary heterochromatin regions in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster correlates with the formation of partial chromosomal aberrations and ectopic pairing. Chromosoma 115: 355-366, 2006
• Demakova OV, Pokholkova GV, Kolesnikova TD, Demakov SA, Andreyeva EN, Belyaeva ES, Zhimulev IF. The SU(VAR)3-9/HP1 complex differentially regulates the compaction state and degree of underreplication of X chromosome pericentric heterochromatin in Drosophila melanogaster. Genetics 175: 609-620, 2007
• Pindyurin AV, Moorman C, de Wit E, Belyakin SN, Belyaeva ES, Christophides GK, Kafatos FC, van Steensel B, Zhimulev IF. SUUR joins separate subsets of PcG, HP1 and B-type lamin targets in Drosophila. J Cell Sci 120, 2344-2351, 2007
• Andreyeva EN, Kolesnikova TD, Demakova OV, Mendez-Lago M, Pokholkova GV, Belyaeva ES, Rossi F, Corradini N, Dimitri P, Villasante A, Zhimulev IF. High-resolution analysis of Drosophila heterochromatin organization using SuUR Su(var)3-9 double mutants. Proc Natl Acad Sci USA 104: 12819-12824, 2007
• Pindyurin AV, Boldyreva LV, Shloma VV, Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Andreyeva EN, Kozhevnikova EN, Ivanoschuk IG, Zarutskaya EA, Demakov SA, Gorchakov AA, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Interaction between the Drosophila heterochromatin proteins SUUR and HP1. J Cell Sci 121: 1693-1703, 2008
• Zhimulev IF, Koryakov DE. Polytene chromosomes. In: Encyclopedia of Life Sciences (ELS), John Wiley & Sons, Ltd: Chichester, 2009
• Yurlova AA, Makunin IV, Kolesnikova TD, Posukh OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Conservation of domain structure in a fast-evolving heterochromatic SUUR protein in drosophilids. Genetics 183: 119-129, 2009
• Andreyenkova NG, Kokoza EB, Semeshin VF, Belyaeva ES, Demakov SA, Pindyurin AV, Andreyeva EN, Volkova EI, Zhimulev IF. Localization and characteristics of DNA underreplication zone in the 75C region of intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosoma 118: 747-761, 2009
• Belyakin SN, Babenko VN, Maksimov DA, Shloma VV, Kvon EZ, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Gene density profile reveals the marking of late replicated domains in the Drosophila melanogaster genome. Chromosoma 119: 589-600, 2010
• Babenko VN, Makunin IV, Brousentsova IV, Belyaeva ES, Maksimov DA, Belyakin SN, Maroy P, Vasil’eva LA, Zhimulev IF. Paucity and preferential suppression of transgenes in late replication domains of the D. melanogaster genome. BMC Genomics 11: 318, 2010
• Vatolina TYu, Boldyreva LV, Demakova OV, Demakov SA, Kokoza EB, Semeshin VF, Babenko VN, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Identical functional organization of cell line interphase and polytene chromosomes in Drosophila melanogaster. PLoS ONE 6(10): e25960, 2011
• Demakov SA, Vatolina TYu, Babenko VN, Semeshin VF, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Protein composition of interband regions in polytene and cell line chromosomes of Drosophila melanogaster. BMC Genomics 12: 566, 2011
• Zhimulev IF, Belyaeva ES, Vatolina TYu, Demakov SA. Banding patterns in Drosophila melanogaster polytene chromosomes correlate with DNA-binding protein occupancy. BioEssays 34: 498-508, 2012
• Andreyenkova NG, Kolesnikova TD, Makunin IV, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Zykova TYu, Zhimulev IF, Belyaeva ES. Late replication domains are evolutionary conserved in the Drosophila genome. PLoS ONE 8(12): e83319, 2013
• Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Babenko VN, Demakov SA, Belyaeva ES. Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. PLoS ONE 9(7): e101631, 2014
• Nordman JT, Kozhevnikova EN, Verrijzer CP, Pindyurin AV, Andreyeva EN, Shloma VV, Zhimulev IF, Orr-Weaver TL. DNA copy-number control through inhibition of replication fork progression. Cell Reports 9: 841–849, 2014
• Koryakov DE, Zhimulev IF. DNA replication in nurse cell polytene chromosomes of Drosophila melanogaster otumutants. Chromosoma 124: 95-106, 2015
• Pokholkova GV, Koryakov DE, Pindyurin AV, Kozhevnikova EN, Belyakin SN, Andreyenkov OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of SUUR and HP1 proteins results in delayed replication of euchromatic regions in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Chromosoma 124: 209-220, 2015
• Hoskins RA,... Demakova OV, Andreyeva EN, Boldyreva LV,... Zhimulev IF,... Celniker SE. The Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome. Genome Res 25: 445-458, 2015
• Titov SE, Ivanov MK, Karpinskaya EV, Tsivlikova EV, Shevchenko SP, Veryaskina YA, Akhmerova LG, Poloz TL, Klimova OA, Gulyaeva LF, Zhimulev IF, Kolesnikov NN. miRNA profiling, detection of BRAF V600E mutation and RET-PTC1 translocation in patients from Novosibirsk oblast (Russia) with different types of thyroid tumors. BMC Cancer 16: 201, 2016
• Khoroshko VA, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the late-replicating intercalary heterochromatin domains of Drosophila melanogaster chromosomes. PLoS ONE 11(6): e0157147, 2016
• Andreyeva EN, Bernardo TJ, Kolesnikova TD, Lu X, Yarinich LA, Bartholdy BA, Guo X, Posukh OV, Healton S, Willcockson MA, Pindyurin AV, Zhimulev IF, Skoultchi AI, Fyodorov DV. Regulatory functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 during endoreplication in Drosophila. Genes Dev 31: 603-616, 2017
• Zykova TYu, Levitsky VG, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome. Curr Genomics 19(3): 179-191, 2018
• Pokholkova GV, Demakov SA, Andreenkov OV, Andreenkova NG, Volkova EI, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of CHROMATOR and dCTCF proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes but does not affect their transcription and replication timing. PLoS ONE 13(4): e0192634, 2018
• Kolesnikova TD, Goncharov FP, Zhimulev IF. Similarity in replication timing between polytene and diploid cells is associated with the organization of the Drosophila genome. PLoS ONE 13(4): e0195207, 2018
• Sidorenko DS, Sidorenko IA, Zykova TY, Goncharov FP, Larsson J, Zhimulev IF. Molecular and genetic organization of bands and interbands in the dot chromosome of Drosophila melanogaster. Chromosoma 128(2): 97-117, 2019
• Volkova EI, Andreyenkova NG, Andreyenkov OV, Sidorenko DS, Zhimulev IF, Demakov SA.  Structural and functional dissection of the 5’ region of the Notch gene in Drosophila melanogaster. Genes 10(12): 1037, 2019
• Demakova OV, Demakov SA, Boldyreva LV, Zykova TYu, Levitsky VG, Semeshin VF, Pokholkova GV, Sidorenko DS, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes. Chromosoma 129(1): 25-44, 2020
• Khoroshko VA, Pokholkova GV, Levitsky VG, Zykova TY, Antonenko OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Genes 11(4): 417, 2020
• Das S, Caballero M, Kolesnikova T, Zhimulev I, Koren A, Nordman J. Replication timing analysis in polyploid cells reveals Rif1 uses multiple mechanisms to promote underreplication in Drosophila. Genetics 219(3): iyab147, 2021
• Zykova T, Maltseva M, Goncharov F, Boldyreva L, Pokholkova G, Kolesnikova T, Zhimulev I. The organization of pericentromeric heterochromatin in polytene chromosome 3 of the Drosophila melanogaster line with the Rif1¹; SuUR^ES Su(var)3-9⁰⁶ mutations suppressing underreplication. Cells 10(11): 2809, 2021
• Sabirov M, Kyrchanova O, Pokholkova GV, Bonchuk A, Klimenko N, Belova E, Zhimulev IF, Maksimenko O, Georgiev P. Mechanism and functional role of the interaction between CP190 and the architectural protein Pita in Drosophila melanogaster. Epigenetics Chromatin 14: 16, 2021

1980

• Университет Кэмбриджа (Великобритания)
• Университет Оксфорда (Великобритания)
• Университет Шеффилда (Великобритания)

1982

• Университет Мадрида (Испания)

1984

• Университет Мадрида (Испания)
• Университет Валенсии (Испания)

1986

• Центр генетики, Сцегед (Венгрия)

1987

• Университет Халле (ГДР)
• Институт генетики растений, Гатерслебен (ГДР)

1988

• Университет Мадрида (Испания)
• Университет Валенсии (Испания)

1990

• Университет Фессалоников (Греция)

1993

• Университет Гарварда (Бостон, США)
• Университет Вашингтона (Сиэтл, США)
• Университет Калифорнии (Беркли, США)
• Университет Индианы (США)
• Университет Северной Каролины (США)

1995

• Институт молекулярной биологии, Гейдельберг (ФРГ)

1998

• Университет Жака Моно, Париж (Франция)
• Университет Марселя (Франция)
• Университет Цюриха (Швейцария)
• Университет Женевы (Швейцария)

2000

• Университет Цюриха (Швейцария)
• Университет Женевы (Швейцария)

2003

• Университет Халле (ФРГ)

2007

• Университет Мадрида (Испания)

• XIII International EMBO Workshop on Molecular and Developmental Biology of Drosophila, Kolymbari, Crete, Greece, 1998
• VI European Congress of Entomology, Ceske Budejovice, Czech Republic, 1998
• XIV International EMBO Workshop on Molecular and Developmental Biology of Drosophila, Kolymbari, Crete, Greece, 2000
• 5^th International Conference on Drosophila heterochromatin, Cortona, Italy, 2001
• 14^th International Chromosome Conference, Wurzburg, Germany, 2001
• XV International EMBO Workshop on Molecular and Developmental Biology of Drosophila, Kolymbari, Crete, Greece, 2002
• 6^th International Conference on Drosophila heterochromatin, Ravello, Italy, 2003
• 19^th European Drosophila Research Conference, Eger, Hungary, 2005
• 7^th International Conference on Drosophila Heterochromatin, Gubbio, Italy, 2005
• 8^th International Conference on Drosophila Heterochromatin, Gubbio, Italy, 2007
• XVI EMBO Workshop on Molecular and Developmental Biology of Drosophila, Kolymbari, Crete, Greece, 2008
• 9^th International Conference on Drosophila Heterochromatin, Gubbio, Italy, 2009
• International Conference “Chromosome 2009”, Novosibirsk, Russia, 2009
• 21^st European Drosophila Research Conference, Nice, France, 2009
• 52^nd Annual Drosophila Research Conference, San Diego, USA, 2011
• 10^th International Conference on Drosophila Heterochromatin, Gubbio, Italy, 2011
• 11^th International Conference on Drosophila Heterochromatin, Lecce, Italy, 2013
• Международная конференция Хромосома-2015, 24-28 августа 2015, Новосибирск
• Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск